En 2005, la direction de CFF Cargo annonce, à l'enseigne du projet "FOCUS" vouloir réduire drastiquement la taille et l'activité de l'entreprise: suppression de 650 postes de travail et réduction de 510 à 323 des sites de transbordement. La direction de Cargo justifie ses mesures par le rétrécissement du marché intérieur et la réduction progressive de l'aide de la Confédération au trafic marchandises en wagons complets d'une part, et l'augmentation de la productivité du trafic poids lourds suite à l'introduction de la nouvelle limite à 40 tonnes pour les poids lourds d'autre part. CFF Cargo espère ainsi économiser 85 millions de francs par année, autrement dit le montant de son déficit selon la comptabilité en vigueur en 2005.

OUESTRAIL s'est opposé à ce démantèlement du trafic marchandise ferroviaire intérieur par sa prise de position du 6 mars 2006.

C'est peu dire que la direction de Cargo s'est fourvoyée et en 2008, l'entreprise est au plus mal. Elle affiche un déficit de l'ordre de la centaine de millions de francs et cherche actuellement - deuxième semestre 2008 - comment se tirer de ce mauvais pas.